Murió en Nagasaki el 25 de Febrero de 1597. En 1593, mientras el Emperador de Japón y el Gobernador de las Islas Filipinas estaban en medio de unas negociaciones, el último envió en calidad de embajadores a Pedro Bautista y a varios otros franciscanos. Fueron muy bien recibidos por el Emperador y se les permitió fundar conventos, escuelas, hospitales y hubo numerosas conversiones. Cuando el 20 de Octubre de 1596, un navío de guerra español, el “San Felipe”, quedó varado en la Isla de Tosa, se convirtió, de acuerdo a la costumbre Japonesa, en propiedad del emperador. El capitán fue lo bastante necio como para, ensalzando el poder del rey español, decir que los franciscanos habían sido enviados para preparar la conquista del país. El Emperador se puso furioso y el 9 de Diciembre de 1596 ordenó que los misioneros fueran encarcelados. El 5 de Febrero de 1597, seis hermanos pertenecientes a la primera orden franciscana, (Pedro Bautista, Martín de la Ascensión, Francisco Blanco, sacerdotes; Felipe de Jesús, clérigo; Gonzalo García, Francisco de San Miguel, hermanos legos), tres jesuitas japoneses (Pablo Miki, Juan Goto y Jaime Kisai) y diecisiete franciscanos terciarios nativos, fueron crucificados. Fueron Beatificados el 14 de Septiembre de 1627 por Urbano VIII y canonizados el 8 de Junio de 1862 por Pio IX