En 1501 recibió el grado de DD y fue elegido Vice-Canciller de la Universidad de Cambridge. Bajo la dirección de Fisher, Lady Margaret fundó las Universidades de San Juan y Cristo en Cambridge y también dos cátedras de divinidad en Oxford y Cambridge respectivamente, siendo el propio Fisher el primero en ocupar la Cátedra en Cambridge. Mediante Bula del 14 de Octubre de 1504, Fisher fue ordenado Obispo de Rochester y en ese mismo año fue elegido Canciller de la Universidad de Cambridge, en cuyo puesto fue reelegido cada año durante 10 años y luego nombrado de por vida. Por esta fecha también se señala que había actuado como tutor del Principe Enrique, quién después sería Enrique VIII. Su reputación como predicador era tan renombrada que en 1509, cuando murieron Enrique VII y Lady Margaret, a Fisher se le pidió que predicara en el funeral en las dos ocasiones; estos sermones se conservan hasta nuestros días.

En 1542 Fisher fue nombrado miembro de la representación Inglesa ante el Concilio de Letrán. Sin embargo su viaje a Roma fue pospuesto y finalmente cancelado. Además de ser parte en las fundaciones de Lady Margarita, Fisher dió aún más pruebas de su celo genuine de aprender invitando a Erasmo a visitor Cambridge. Este ultimo ciertamente (Epist., 6:2) atribuye a la protección de Fisher que se haya continuado en Cambridge con el studio del griego sin los impedimentos y molestias que tuvo en Oxford. Tambien le ha sido adjudicada, sin ninguna prueba real como el verdadero autor del tratado real contra Lucero titulado "Assertio septem sacramentorum", publicado en 1521 y por el cual Enrique VIII ganó el título de Fidei Defensor. Antes Fisher había denunciado varios abusos en la Iglesia urgiendo la necesidad de reformasdisciplinarias y en este año predicó en la Cruz de San Pablo cuando los libros de Lutero fueron públicamente quemados.

Cuando surgieron los temas sobre el divorcio de Enrique de la reina Catalina, Fisher se convirtió en el consejero más importante y de mayor confianza de la Reina. Es así que en los alegatos de la corte el se presenta en estas funciones en nombre de la Reina, donde sorprendió a los presentes con la claridad de su lenguaje y sobre todo declarando que, al igual que San Juan Bautista, el estaba dispuesto a morir por la indisolubilidad del matrimonio. Esta declaración le fue transmitida a Enrique VIII, quien se enfureció de tal manera que él mismo escribió de puño y letra un largo escrito en Latín a los delegados en respuesta al discurso del obispo. La copia de Fisher todavía existe con anotaciones de su puño y letra efectuadas en el margen y que demuestran cuando poco temor le tenía a la cólera real. El retiro de la causa en Roma trajo el fin de la participación de Fisher en este tema, pero el Rey jamás le perdonó por lo que había hecho.

En Noviembre de 1529, “El Parlamento” del reinado de Enrique comienza su larga serie de intromisiones y usurpaciones con la Iglesia. Fisher, como miembro de la casa de los lores, al punto advirtió al Parlamento que tales actos solo podría terminar con la destrucción de la Iglesia en Inglaterra. En este sentido, los Comunes, a través de su vocero se quejaron al rey que el Obispo había desacreditado al Paramento. El Dr. Gairdner (Lollardy and the Reformation, I, 442) menciona que este incidente …“a duras penas podría ser materia de duda que esta extraña amonestación fuera instigada por el rey en persona y en parte por razones estrictamente personales”.

No se perdió esta oportunidad. Enrique pidió a Fisher comparecer ante él, demandando una explicación. Cuando ésta fue proporcionada, Enrique se declaró satisfecho, dejando que la Cámara de los Comunes declarara inadecuada esta explicación para de esta manera aparecer él como un soberano magnánimo y no como enemigo de Fisher. .
Un año más tarde (1530) las continuas intromisiones en asunto de la Iglesia impulsaron a los Obispos de Rochester, Bath y Ely apelar a la Sede Apostólica. Esto le dió al Rey su oportunidad. Inmediatamente se emitió un edicto prohibiendo tales apelaciones y los tres obispos fueron arrestados. Su encarcelamiento sin embargo, pudo haber durado unos pocos meses solamente, ya que en Febrero de 1531, se reunió la Convocatoria con la presencia de Fisher. Fue en esta oportunidad que el clero fue obligado a pagar 1000,000 libras, para comprar el perdón del rey por haber reconocido al Cardenal Wolsey como delegado del papa; y al mismo tiempo haber reconocido a Enrique como Cabeza Suprema de la Iglesia en Inglaterra, y la frase que se añadió “hasta donde lo permita la Ley Divina” fue gracias a los esfuerzos de Fisher.

Días más tarde, varios de los sirvientes del Obispo se enfermaron después de haber comido un potaje que les fuera servido a todos los de la casa, de hecho dos personas murieron. La opinión popular señaló este hecho como un atentado directo contra la vida del Obispo aunque él no comió la comida envenenada. Para desbaratar toda sospecha, el rey no solo expresó su indignación sino indujo al Parlamento para que promulgara un Acta especial donde se debía considerar el envenenamiento como alta traición y que el culpable sería hervido hasta morir. Esta sentencia de hecho se cumplió con el culpable, pero no impidió lo que a todas luces parece haber sido un Segundo atentado contra la vida de Fisher poco después.

Los hechos ahora avanzaban con rapidez. En Mayo de 1532, Sir Thomas More renunció a su cargo de Canciller y en Junio, Fisher predicó públicamente contra el divorcio. En Agosto, Warham, Arzobispo de Canterbury, murió y Cranmer fue inmediatamente elegido como su sucesor ante el papa. En Enero de 1533, Enrique se casó secretamente con Ana Bolena. La consagración de Cranmer tuvo lugar en Marzo de ese mismo año y, una semana más tarde Fisher fue arrestado. Parece ser con toda seguridad que lo arrestaron para impedir que se opusiera a la sentencia de divorcio que Canmer pronunció en Mayo o la coronación de Ana Bolena que tuvo lugar el 1 de junio; ya que a Fisher se le liberó nuevamente quince días después sin que le hicieran cargo alguno en su contra. En el otoño del año 1533, se efectuaron varios arrestos en conexión con las llamadas revelaciones de la Santa Doncella de Kent (ver BARTON, ELIZABETH) pero en vista que Fisher se encontraba gravemente enfermo en Diciembre, los procedimiento en su contra se pospusieron por un tiempo. Sin embargo, en Marzo de 1534, se introdujo una ley especial condenatoria por felonía contra el Obispo de Rochester y otros por complicidad en el caso de la Monja de Kent. but as Fisher was taken seriously ill in December, proceedings against him were postponed for a time. In March, 1534, however, a special bill of attainder against the Bishop of Rochester and others for complicity in the matter of the Nun of Kent was introduced and passed. Por esta ley se le condenaba a Fisher a la confiscación de todo su patrimonio personal y a encarcelamiento por el tiempo que el rey desee. Más tarde se le otorgó perdón mediante el pago de una multa de 300 libras.

En la misma sesión del Parlamento se pasó una Ley de Sucesión mediante la cual a todo al que se le llamara estaba obligado a tomar un juramento de sucesión, mediante el cual se reconocía como legítimos herederos del trono a los hijos de Enrique y Ana bajo pena de encarcelamiento por traición. Fisher se rehusó a juramentar y fue enviado a la Torre de Londres el 26 de abril de 1534. Se hicieron muchos esfuerzos para obligarlo a someterse, pero sin resultado, y en noviembre nuevamente fue encarcelado por traición, se embargaron sus bienes a partir del 1 de marzo pasado y se declare vacante la sede de Rochester a partir del siguiente días 2. Existe una larga carta escrita desde la Torre por el Obispo a Tomás Cromwell, la que registra la severidad de su confinamiento y los sufrimientos que padeció.

En mayo de 1535, el Nuevo Papa, Paulo III, nombró a Fischer Cardenal Sacerdote de San Vitalis. Su motivo aparente fue el de obligar por este nombramiento a que tratara al obispo con menor severidad. El efecto fue precisamente el contrario. Enrique prohibió que el sombrero de cardenas se trajera a Inglaterra, declarando que enviaría su cabeza a Roma. En junio se emitió una orden especial para el juicio contra Fisher y el 17 de junio fue procesado en Westminster Hall por el cargo de traición, porque se negaba a reconocer que el rey fuera la cabeza suprema de la Iglesia. Puesto que había sido privado de su diócesis mediante la privación de sus derechos civiles y confiscación de sus bienes, fue tratado como reo común y juzgado por un jurado. Fue declarado culpable y condenado a ser colgado, asfixiado y descuartizado en Tyburn. Sin embargo, se la sentencia y fue decapitado en Tower Hill. Los últimos momentos del mártir fueron un reflejo de su vida.

Se enfrentó con la muerte con gran dignidad, calma y coraje, tanto así que impresionó profundamente a todos los presentes. Su cuerpo decapitado fue desnudado y dejado en el patíbulo hasta el anochecer que fue arrojado desnudo a una tumba en el patio de la Iglesia de Allhallows, Parking.

Quince días más tarde fue retirado para ser colocado al lado del cuerpo de Santo Tomás Moro en la Iglesia de San Pedro ad Víncula cerca de la Torre. Su cabeza fue clavada en una estaca en el Puente de Londres, peru su color sonrosado y su apariencia fresca y lozana llamaba mucho la atención tanto así que después de 15 días fue arrojada al Támesis y su lugar la ocupó la cabeza de Sir Tomas Moro, cuyo martirio tuvo lugar el 6 de julio siguiente.

Existen varios retratos de Fisher, el mejor es el que pintó de él Holbein que se encuentra en la colección real; también se conservan algunas reliquias. En el Decreto de Beatificación del 29 de Diciembre de 1886, cuando se beatificaron 56 mártires Ingleses por León XIII, el principal lugar lo ocupó Juan Fisher. (Fue canonizado en 1935 por el Papa Pio XI – Ed.). Se puede encontrar una lista de los escritos de Fisher en Gillow, Diccionario Bibliográfico de los Católicos Ingleses (Londres, s.d.), II 262-. Existen 26 obras en total, impresas y manuscritas, la mayor parte ascéticas o ensayos controversiales muchos de los cuales han sido re-editados muchas veces. Las ediciones originales son muy raras y valiosas. Las principales son: