Fecha de nacimiento desconocida; elegido el 19 de Diciembre de 1191. Durante el corto espacio de tiempo (1181-1198) que separó los gloriosos pontificados de Alejandro III e Inocencio III, al menos cinco pontífices ocuparon en rápida sucesión el trono papal. Fueron todos veteranos curtidos en la escuela de Alejandro y solo necesitaron su primer vigor juvenil y duración de pontificado para obtener renombre en una época de grandes acontecimientos. Gregorio VIII, después de un pontificado de dos meses, murió el 17 de Diciembre de 1187 en Pisa, a donde se había dirigido para acelerar los preparativos de la reconquista de Jerusalén. A los dos días le sucedió el Cardenal-Obispo de Palestina, Paolo Scolari, romano de nacimiento. Su elección fue particularmente aceptada por los Romanos, ya que fue el primer oriundo de su ciudad que fue elevado al papado desde la rebelión en la época de Arnoldo de Brescia. Su bien conocida suavidad y amor a la paz consiguieron cambiar la mentalidad de los mismos hacia la reconciliación, más necesaria para ellos que para el Papa. Los acercamientos condujeron a la conclusión de un tratado formal, mediante el cual, la soberanía papal y las libertades municipales fueron igualmente aseguradas por lo que en Febrero Clemente entró en la ciudad entre el entusiasmo ilimitado de una población que parecía no haber aprendido el arte de vivir ni con el Papa, ni si él.

Sentado en el lateranense, el Papa Clemente dirigió su atención a la ingente tarea de concentrar las fuerzas de la Cristiandad contra los Sarracenos. Fue el organizador de la Tercera Cruzada y si esa expedición impuesta produjo resultados insignificantes, la culpa de ese sinsentido se debe enteramente a él. Envió legaciones a las diferentes cortes, las cuales trabajaron para restaurar la armonía entre los monarcas y príncipes beligerantes, desviando su energía hacia la reconquista del Santo Sepulcro. Encendidos por el ejemplo del Emperador Barbarroja y por los reyes de Francia e Inglaterra, una incontable hueste de tropas cristianas se encaminaron hacia Palestina y hacia la muerte. En el momento de la muerte de Clemente, justo antes de la captura de Acre, las perspectivas, sin contar la muerte ahogado de Barbarroja y el regreso de Felipe Augusto, eran aún brillantes.

La muerte del principal vasallo del Papa, Guillermo II de Sicilia, precipitó otra desafortunada disputa entre la Santa Sede y los Hohenstaufen. Enrique VI, hijo y sucesor de Barbarroja, reclamó el reino por derecho de su esposa Constanza, única superviviente legítima de la Casa de Roger. El Papa, cuya independencia estaba próxima a terminar si el imperio y los Dos Sicilias se unían bajo el mismo monarca, junto con los italianos, que detestaban estar regidos por un extranjero, se decidieron por la resistencia y cuando los Sicilianos proclamaron rey a Tancredo de Lecce, una valiente pero ilegítima escisión de la Familia Roger, el Papa lo invistió como tal. Enrique se dirigió a Italia con un gran ejército para reforzar su reclama y una muerte oportuna prolongó la controversia al sucesor de Clemente, Celestino III. Mediante una sabia moderación Clemente consiguió calmar los disturbios causados por las elecciones impugnadas en las Diócesis de Traer en Alemania y San Andrés en Escocia. También trasladó a la Iglesia Escocesa del Metropolitano Cork declarándola directamente sujeta a la Santa Sede. Clemente canonizó a Otto de Bamberg, el apóstol de Pomerania (fallecido en el 1139) y a Estéfano de Thiers en la Auvernia, fundador de los eremitas de Grammont (fallecido en el 1124).