Esa fue una forma en la que cruzó el umbral de la Iglesia Católica y fue recibido en el seno de la fe. En 1605 se unió a la orden benedictina en Papua, pero su frágil salud le obligó a posponer su profesión religiosa, y retornó a casa donde encontró a su padre a punto de morir. Habiéndose reconciliado con la Iglesia asistió a su padre en los últimos momentos; puso las cosas mundanas de lado, y regresó a la vida de clausura. Hizo profesión de fe con los padres de Italia e Inglaterra como miembro de la Congregación Cassinese. Más tarde fue agregado a la Congregación Inglesa.

Cumplió con el deseo que tenían sus superiores, en función de dedicarse a la investigación y al estudio. Todo ello con el fin de rechazar, refutar, el error que la congregación de Inglaterra estaba cometiendo en relación con la disposición antigua benedictina en Cluny, que había sido fundada en 910. Fue vitalmente ayudado en sus estudios, por el contenido de la Biblioteca Cottonian, la que fue puesta a su disposición.

Con la colaboración de los padres Jones y Clement Reyner, pudo colocar el fruto de su trabajo investigativo, en el volumen titulado “Apostolatus Benedictorum in Anglia”. Por medio de Sir Robert Cotton, el Padre Baker estableció contacto con el anticuario William Carden, y con otras personalidades de su época. En 1624 fue enviado al convento benedictino de Cambrai, el que para ese entonces estaba recientemente inaugurado. Su misión fue la de fortalecer el espíritu religioso.

En ese lugar permaneció por espacio de unos nueve años, tiempo durante el cual escribió muchos de sus tratados ascéticos, los que están contenidos en el valioso trabajo “Sancta Sophia”. Esta obra fue compilada por Serenus Cressy. En 1633 fue trasladado a Douai, donde escribió su extenso tratado sobre la misión inglesa. Sus hábitos austeros fueron reducidos debido a la subsistencia que estuvo obligado a realizar en Londres, debido a que perseguidores se encontraban tras sus pasos.

Su vida, no obstante estas peripecias, no terminó en el martirio, sino que su final fue causado por la plaga que asolaba Europa. Sucumbió a los 66 años de edad. Muchos de los treinta tratados escritos por el Padre Baker, se pueden encontrar en forma de manuscritos en Downside, Ampleforth, Stanbrook y en monasterios benedictinos de Inglaterra. Aún se espera que pueda producirse una adecuada biografía de este maestro de la vida ascética.