Con la llegada de Elizabeth al poder, fue privado de su condición de obispo (21 de junio de 1559) y entregado al cuidado de Guindal, obispo protestante de Londres; ello lo convirtió en ser uno de los once obispos encarcelados. Las recientes investigaciones del Reverendo G. Philips, quien ha estudiado exhaustivamente la situación de los obispos encarcelados, muestra que aún cuando formalmente se les declaraba huéspedes, en verdad eran prisioneros.

Su cautiverio duró hasta el 18 de noviembre de 1559, cuando, tal y como lo escribe Pitts, “murió el ilustre Confesor del Señor”. El escribió "Prima Rudimenta in linguam Hebraicam" (París, 1550); "Compendium Michol, hoc est absolutissimæ grammatices Davidis Chimhi" (París, 1554); "In Proverbia Salomonis" (París, 1555).