De vuelta en Salzburgo en 1695, tomó sucesivamente los profesorados de teología moral, de teología dogmática, y de exégesis, en la célebre Universidad Benedictina de esa ciudad. Permaneció en Salzburgo por veintidós años, periodo en el cual asumió el puesto de vice-rector por tres años, y también el de vice-canciller de la universidad por seis. En 1717 volvió a su monasterio en Ettal, donde pasó el resto de sus días. En teología dogmática Babenstuber era un Tomista pronunciado; en moral, un defensor vigoroso de probabilismo. Sostuvo, entre otras cosas, que un sólo autor, si estuviera "más allá de la contradicción" (omni exceptione major), podría, de su propia autoridad, rendir una opinión probablemente, aún en contra de la opinión general. En cuestiones de la fe, sin embargo, rechazó el principio de probabilismo absoluto. En una de sus disquisiciones él había expresado también que era admisible celebrar Misa en privado en Jueves Santo y en Sábado Santo, pero antes que su “Ethica Supernaturalis” fuese publicado por la imprenta, se enteró que los tribunales romanos lo habían prohibido, y así corrigió inmediatamente esa afirmación. Las obras publicadas de Babenstuber incluyen una gran variedad de temas, principalmente filosóficos y teológicos. Los más importantes son: “Philosophia Thomistica” (4 vols., Salzburgo, 1704); “Ethica Supernaturalis” (Augsburgo, 1718).

Traducido por Armando Llaza Corrales